미토콘드리아는 세포 호흡에 관계하는 여러 효소가 들어 있어 유기물을 분해하여 ATP를 형성합니다. 일반적인 세포에 비해 주로 에너지가 많이 필요한 근육이나 간 등의 세포에 많이 존재합니다. 미토콘드리아의 구조는 내막과 외막의 이중 막으로 되어 있으며 내막은 안쪽으로 많은 주름이 져 있고 여러 호흡효소가 존재합니다. 이렇게 표면적을 증가시켜 호흡의 효율을 높이는 구조로 되어 있습니다. 또한 자신만의 DNA, RNA 및 리보솜을 가지고 있어 스스로 증식하기도 합니다.
색소체는 식물에만 존재하며 엽록체와 백색체, 잡색체가 있습니다. 엽록체는 광합성을 통해 빛 에너지를 화학에너지로 바꾸어 포도당을 합성합니다. 이중 막으로 되어 있으며 내막은 내부로 함입되어 여러 층의 틸라코이드가 쌓인 그라나를 형성하고 엽록체의 기질은 스트로마를 이룹니다. 또한 자신만의 DNA,RNA및 리보솜을 가지고 있어 스스로 증식하기도 합니다. 백색체는 줄기나 뿌리 등의 흰 부분에 많으며 녹말 등의 양분을 저장합니다. 잡색체는 꽃이나 과일 등의 색깔을 나타냅니다. 카로틴은 적황색, 잔토필은 담황색으로 나타납니다.
미토콘드리아나 엽록체의 경우 이중 막으로 구성되어 있는데, 외막의 단백질은 세포막과 성분이 비슷하나 내막의 단백질은 그렇지 않습니다. 또한 자신만의 핵산과 리보솜을 가지고 있는데, 진핵세포가 가지고 있는 리보솜과 조금 다른 구조로 되어있습니다. 이러한 사실들을 종합하여 보아 미토콘드리아나 엽록체는 각각 따로 살다가 진핵세포 내로 들어와 공생하게 되었다는 사실을 유추해 볼 수 있습니다.
리보솜은 핵에서 전사된 mRNA를 주형으로 단백질을 합성합니다. 세포 소기관 중 가장 작으며, 크기가 크고 작은 두 개의 소단위체로 된 과립형 구조입니다. 막으로 둘러싸인 구조가 아니며 주성분은 단백질과 rRNA입니다. 세포 내에 흩어져 있거나 소포체에 붙어있습니다.
소포체는 핵막과 연결된 한 겹의 막으로 된 납작한 주머니 또는 관 모양이며 세포 내 물질의 이동 통로가 됩니다. 물질의 분비 기능을 가진 세포에 잘 발달하여 있습니다. 거친 면 소포체는 표면에 리보솜이 부착된 소포체이며 리보솜에서 합성한 단백질은 소포체 내에서 변형 및 생체막의 소낭으로 둘러싸여 골지체 등 세포의 다른 곳으로 수송됩니다. 매끈면 소포체는 표면에 리보솜이 부착되지 않은 소포체이며 지방, 인지질, 스테로이드 등과 같은 지질의 합성과 수송 기능을 담당하며 독성물질을 해독하는 효소나 칼슘 이온을 저장하기도 합니다.
골지체는 소포체의 일부가 떨어져 나온 소낭들이 합쳐져 생긴 것으로 단일 막으로 싸인 납작한 시스터나가 여러 층으로 포개어져 있는 모야입니다. 분비 기능이 활발한 소화샘이나 내분비샘을 구성하는 세포에 많이 존재합니다. 조면 소포체에서 합성한 단백질은 골지 시스터 나에서 자장, 변형을 거쳐 세포 외로 분비하거나 리소좀 내에 저장합니다. 식물세포의 골지체는 딕티오솜이라고도 하며 펙틴과 같이 세포벽을 구성하는 일부 다당류나 당단백질을 합성합니다.
리소좀은 주로 동물 세포에서 관찰되며, 골지체에서 기원한 단일 막으로 둘러싸인 공 모양의 소낭입니다. 여러 종류의 가수분해효소를 포함하고 있어 세포 내로 침입한 세균이나 세포 내 노폐물 등을 분해하는 세포내소화를 담당하며, 손상되거나 수명이 다한 세포 내 소기관 등을 분해하고 손상된 세포의 자가분해에도 관여합니다. 백혈구의 식균작용, 올챙이의 변태 할 때 꼬리 제거, 사람의 발생할 때 손가락 형성 등 과정에서 리소좀이 관여합니다.
페르옥시솜은 대사 과정에서 생긴 유해한 과산화수소를 신속하게 분해하여 세포를 보호합니다. 간이나 신장의 세포에 많습니다. 리소좀과 비슷한 단일 막으로 싸여 있으며, 효소들이 모인 과립 또는 결정의 형태로 관찰됩니다.
중심체는 세포 분열 시 2개의 중심립이 4개로 복제되어 양극으로 이동, 성상체를 형성하고 여기서 방추사가 형성되어 염색체를 이동시킵니다. 또한 섬모나 편모를 형성하는 기저체가 되기도 합니다. 중심체는 주로 동물세포에서 관찰됩니다. 2개의 중심립이 핵 근처에 존재하며, 각 중심 림은 9개의 미세소관 다발이 원형으로 배치된 9+0 구조이며 이에 반해 기저체에서 형성된 편모와 섬모는 9개의 미세소관 다발이 원형으로 배열되고 그 중심에 2개의 미세소관이 있는 9+2 구조를 이루고 있습니다.
식물세포에도 존재하지만 주로 세포벽이 없는 동물 세포를 지지하고 세포의 형태를 유지하는 것은 세포골격입니다. 미세섬유는 지름 7mm, 액틴 단백질로 되어 있으며 근육의 수축, 동물 세포의 세포분열 시 세포질 함입에 관계합니다. 이 밖에도 세포의 형태를 유지하게 하며 세포질 유동이나 위족 운동에 관여합니다. 중간 섬유는 지름 9~12mm, 케라틴 등의 단백질로 되어 있으며 핵과 다른 세포 소기관을 고정합니다. 미세소관은 지름 25mm로 단백질 이합체가 모인 가운데가 빈 관 모양으로 섬모나 편모, 방추사를 구성합니다. 세포소기관 및 소낭, 염색체의 이동에 관여합니다.
세포질은 유동적, 반유동적 상태가 가역적으로 변화할 수 있는 콜로이드 상태입니다. 수분량이나 pH, 온도등에 따라 유동적인 sol 상태와 반유동적인 gel 상태가 되며, 이 과정에서 ATP가 필수적입니다. 액포가 잘 발달한 살아있는 세포에서 관찰되며, 세포질 유동을 통해 세포소기관들의 운동이나 세포질 내 물질의 이동이 일어납니다. 검정말이나 캐나다말의 잎 세포, 쇠뜨기 말 같은 자축조 식물의 절간 세포, 양달개비나 자주달개비의 수술 털 등에서 잘 관찰됩니다. 아메바의 위족운동도 세포질 유동에 포함하기도 합니다.
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